حوزه علمیه اصفهان مجموعه‌ای از مدارس، عالمان و طلاب علوم دینی در شهر اصفهان است که تاریخ این مجموعه، به دوره صفویه و رسمی شدن مذهب تشیع در ایران و به ویژه انتقال پایتخت به اصفهان به صورت رسمی بازمی‌گردد. با توجه به فشارهایی که در قلمرو عثمانی در عهد صفوی بر شیعیان وارد می‌شد، برخی از عالمان شیعی جبل عامل با بهره‌گیری از فرصت این گشایش ی در ایران و به انگیزه ترویج مذهب شیعه به این کشور مهاجرت کردند. حوزه علمیه اصفهان، فلاسفه، فقها و مراجع زیادی را تقدیم جامعه کرده است. عالمانی چون میرزا عبدالله افندی، شیخ بهائی، محمدباقر سبزواری، محمدتقی مجلسی، محمدباقر مجلسی، آقا جمال خوانساری، آقا حسین خوانساری، سید ابوالحسن اصفهانی در این حوزه رشد و پرورش یافته‌اند.
مخالفت علما و فقها با تصوف و صوفیان از ویژگی‌‌های حوزه علمیه اصفهان بوده است. نی نیز در این حوزه رشد یافته‌اند که معروفترین آنان آمنه بیگم دختر محمدتقی مجلسی، حمیده رویدشتی دختر شریف بن محمد رویدشتی اصفهانی و در دوره جدید، بانو نصرت امین اصفهانی است. از مهمترین مدارس علمیه این شهر، می‌توان به مدرسه ملا عبدالله، مدرسه شیخ لطف الله، مدرسه شاه، مدرسه امام صادق، مدرسه صدر و مدرسه شیخ بهائی اشاره کرد.